স্বাস্থ্য ও সেইফটি অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ একটি বিষয়। এ জন্য জামেয়া ইসলামিয়া শামসুল উলুম কওমী মাদরাসার সকল শিক্ষক- শিক্ষার্থীদের প্রতিনিয়ত স্বাস্থ্য সেবা নিশ্চিত করতে দুই জন MBBS ডাক্তারকে সার্বিক ব্যবস্থাপনা পদ্ধতির মধ্যে অন্তর্ভূক্ত করা হয়েছে এবং মাদরাসাতে স্থায়ীভাবে প্রাথমিক চিকিৎসার জন্য প্রয়োজনীয় ঔষধসহ মিনি ফার্মেসী করার পরিকল্পনা রয়েছে।

